京东旗舰店和京东自营店是不同的经营模式，无法直接升级。需要注意的是，申请入驻京东自营店需要满足一定的条件，如公司具备合法经营资质、产品质量符合标准、具备品牌实力等。
京东旗舰店和京东自营店是不同的经营模式，无法直接升级。从原先的京东旗舰店升级为京东自营店需要重新申请入驻，并根据京东的审核标准进行评估和审核。以下是大致的申请流程：
1. 准备资料：准备好企业的相关资质证明以及产品的相关证明材料。
2. 提交申请：登录京东官网，在入驻页面选择"申请入驻"，填写相关信息并提交申请。
3. 提交审核：提交申请后，京东将会对您的资料进行审核，审核周期一般为5到15个工作日。
4. 进行培训和签约：审核通过后，京东会邀请您进行培训，并与您签订交易合同。
5. 入驻准备：在签约完成后，您需要完成店铺的设置、商品上架和店铺运营等准备工作。
需要注意的是，申请入驻京东自营店需要满足一定的条件，如公司具备合法经营资质、产品质量符合标准、具备品牌实力等。申请入驻成功后，您将获得更多的经营权益和支持，享受更多的品牌曝光机会，提升商品竞争力。