考虑到柯南只是一个小学生，在与黑暗组织的斗争中，他相对较为脆弱。琴酒暗中保护柯南可以保持对黑暗组织的掌控，并降低柯南被发现的风险。而柯南则能够借助琴酒的力量和知识，更好地破解案件和追查黑暗组织。
琴酒为什么暗中保护柯南？这是一个关于动画《名侦探柯南》中的情节问题。在剧中，琴酒是一个黑暗组织的成员，他暗中保护柯南主要有以下几个原因：
1. 柯南是唯一知道琴酒真实身份的人：柯南是昔日的侦探工藤新一在服用APTX4869药物后变成的。他是唯一知道琴酒实际身份的人，因此琴酒暗中保护柯南，目的是为了保护自己的身份不被揭露。
2. 琴酒认可柯南的能力：柯南拥有出色的推理能力，也经常在解决案件中给出关键线索。琴酒很欣赏柯南的才能，并希望柯南能够继续为破解黑暗组织的谜团贡献力量。
3. 柯南对黑暗组织的威胁有限：虽然柯南知道琴酒的真实身份，但他无法对黑暗组织造成重大威胁。考虑到柯南只是一个小学生，在与黑暗组织的斗争中，他相对较为脆弱。琴酒暗中保护柯南可以保持对黑暗组织的掌控，并降低柯南被发现的风险。
4. 琴酒与柯南彼此能够互相利用：无论是对琴酒还是对柯南，他们之间的合作都存在互利性。通过与柯南合作，琴酒能够获取更多的情报和线索，并更好地了解黑暗组织的内部。而柯南则能够借助琴酒的力量和知识，更好地破解案件和追查黑暗组织。
总的来说，琴酒暗中保护柯南是为了保护自己的身份、利用柯南的才能、降低柯南被发现的风险，并通过合作互相获取利益。